伊斯兰堡孔子学院成立于2005年4月，是中国国家汉办、北京语言大学与伊斯兰堡国立现代语言大学联合建立的，是我国与全天候战略合作伙伴关系的邻邦巴基斯坦合作建立的第一所孔子学院，也是整个伊斯兰世界的第一所孔子学院。 伊斯兰堡孔子学院的主要职能是进行汉语教学、考试、研究和留学中介服务以及促进中巴文化、教育、经济的交流。2007年和2008年，伊斯兰堡孔子学院在全球近300所孔子学院中连续两年被评为优秀孔子学院。
伊斯兰堡孔子学院设理事会，由三名巴方人员和两名中方人员联合组成。理事会成员名单如下：

伊斯兰堡国立现代语言大学的校长阿齐兹教授兼任孔子学院的院长，付继伟博士任副院长。